Guise en Perú

Luego de haber logrado la Independencia, San Martín nombra a Guise como contralmirante de la escuadra peruana, pero él renuncia al cargo, dejándolo para Manuel Blanco Encalada. En 1823 vuelve al mando de la escuadra peruana, ahora como vicealmirante. En 1824 estableció un bloqueo en el Callao, ya que una sublevación realista se había hecho con el puerto. Peleó contra una escuadra española, y luego de su retiro partió al puerto de Guayaquil, solo para ser arrestado en 1825. 

Fue puesto a disposición del capitán de navío Juan Illingworth Hunt, quien se alió con Blanco Encalada para tomar el Callao, lo que logró en 1826. Guise fue regresado a Lima, juzgado y enviado a prisión, donde permaneció hasta la retirada de Bolívar de Perú, y fue restituído como vicealmirante. En 1828 estalló la guerra con la Gran Colombia, en la cual Guise participó, perdiendo la vida luego de que una granada explotara cerca de él en su buque Presidente.